System szkolny KEN był trójpoziomowy i stanowy. Obejmował szkoły parafialne, średnie i wyższe. Warunkiem dostania się na studia uniwersyteckie było uprzednie uzyskanie wykształcenia średniego. Nie było jednak drożności między szkołą parafialną a szkołą średnią. Komisja Edukacji Narodowej nie zajmowała się organizacją szkolnictwa parafialnego dla ludu wiejskiego i miejskiego – pozostawało to pod nadzorem Kościoła i szlachty/ Zajmowała się zaś szkołami średnimi przeznaczonymi głównie dla szlachty, jednak dostępnymi dla mieszczan. Nauczyciele wykładający w szkołach średnich musieli być kształceni przez szkoły wyższe.
Program nauczania i cel wychowawczy
Celem kształcenia w szkołach średnich było ukształtowanie człowieka rozumnego, przygotowanego do pełnienia funkcji publicznych w państwie, rozumiejącego i potrafiącego zmienić prawo, będącego jednocześnie dobrym gospodarzem, obywatelem, ojcem i mężem. Szkoły średnie były nazywane szkołami wydziałowymi – jeżeli posiadały pełną obsadę nauczycielską – a nauka trwała tam 7 lat. Jeżeli zaś nauczało w nich 3-4 nauczycieli nazywano je szkołami podwydziałowymi, a nauka trwała 6 lat. Niezależnie od szkoły, program nauczania był praktycznie taki sam – różnica polegała jedynie na nieco innej realizacji – i obejmował takie przedmioty, jak: język polski, łacina, wymowa, historia, elementy geografii, prawo, matematyka, geometria, fizyka, nauki przyrodnicze, nauka o handlu, zdrowiu oraz oczywiście naukę moralną i religię.
Ogólnokształcący program nauczania zapewnił harmonijny rozwój fizyczny, moralny i intelektualny uczniów, a także uwzględniał taką organizację dnia i tygodnia pracy uczniowskiej, by znaleźć w nim czas na wychowanie fizyczne rekreację i wypoczynek.
Osiągnięcia KEN a dzisiejsza edukacja
Niektóre z osiągnięć KEN przetrwały do dzisiaj i według nich działa współczesna szkoła. Jednym z takich osiągnięć jest stworzenie uhierarchizowanego, jednolitego systemu szkolnictwa (wzajemne powiązanie tych szkół zarówno pod względem organizacyjnym, jak i programowym). Zachowano także rolę uniwersytetów, które są najwyższym stopniem edukacji, ale również ośrodkami badań naukowych. Dzięki KEN wykazano dużą rolę nauki w życiu społeczeństwa (konieczność powiązania badań naukowych z życiem i potrzebami narodu) i nadal jest to respektowane. Komisji Edukacji Narodowej zawdzięczamy również przygotowanie nowego programu nauczania i wychowania, który jest bardziej przystosowany do potrzeb życia. Dzięki KEN szkoły stały się dostępne dla wszystkich dzieci, niezależnie od pochodzenia, zaczęto także wydawać podręczniki szkolne, których prędzej nie było. Możliwe stało się także kształcenie kobiet. Wartym uwagi jest też powołanie opatrzonego prawami i obowiązkami stanu akademickiego – godziwie wynagradzana nauczycielska grupa zawodowa, do której kwalifikowało określone wykształcenie i praca w szkole średniej lub wyższej. Ponadto dopiero dzięki KEN zawód nauczyciela zyskał prestiż społeczny, obywatelski i naukowy.